学校前身是创建于1980年的肥东县卫生职业进修学校。1991年，经合肥市教育局批准为“肥东县中等卫生职业技术学校”。

1980年8月，肥东县卫生局创办肥东县卫生职业进修学校。校址在县城龙泉东路1号。设置社区医学、护理2个专业，学制3年。

2001年，获评“肥东县建党80周年活动先进单位”、“合肥市文明单位”。
2003年，获评“合肥市卫生先进单位”、“先进基层党组织”
2003年，顺利通过安徽省教育厅“合格卫生成人中专学校”评估验收，被安徽卫生厅确定为卫生在岗人员学历教育及乡村医生培训基地，被合肥市教育局确定为职业教育护理专业组长学校。
2006年，在各级领导关心支持下,择址新建并迁入现址，新城区和平路与桂王路交叉口。
2007年，获评“合肥市卫生先进单位”“园林式单位”

2008年，根据合肥地区卫生职业教育需要，和学校发展实际，经省教育厅、省卫生厅和省发改委批准为全日制卫生类普通中专学校，面向全省招生。正式更名为庐州卫生科技学校，在原有护理专业基础上增设助产、老龄人服务管理、社区服务等专业。
2009年，“第十一届合肥市文明单位”、“ 合肥市卫生先进单位”
2010年，被省教育厅授予省级示范中职学校，护理专业被市教育局评为市级示范专业。
2010年，获评“合肥市教育局依法治校示范校”、“志愿者服务先进集体”、“肥东县卫生系统先进单位”
2012年，获评“第十二届合肥市文明单位”、“合肥市卫生先进单位”、“先进基层党组织”、“志愿者服务工作优秀集体”。
2013年，获评“肥东县规范化办学行为先进单位”、“志愿者服务工作优秀集体”。
2015年，获评“第十三届合肥市文明单位”、“优秀实习院校”。
2016年，学校开始承担中职学校教育质量提升工程“助产专业示范实训基地”建设项目。
2016年，学校党支部获评“先进基层党组织”
2018年，“助产专业示范实训基地”建设项目顺利通过上级验收,成为全省一流的助产专业实训基地。
2018年，获评“第十四届合肥市文明单位”。
2018年，安徽省教育厅发布2018年具备中等职业学历教育办学资质学校及招生资格专业名单，庐州科技卫生学校在列。
2019年，荣获“肥东县第六届护士技能比赛优秀组织奖”。
2020年，荣获“合肥市卫生先进单位”。
2021年，荣获“2019-2020年度肥东县文明单位”。
2022年，荣获“肥东县经典诵读优秀组织奖”。
2023年，荣获“2021-2022年度肥东县文明单位”、“肥东县第十二届中华经典诵读最佳风采奖”
2024年，荣获“第十六届合肥市文明单位。